本系為全國技職體系中唯一臨海的水產養殖系，以澎湖特有的沿岸養殖及海水箱網養殖為基礎，肩負起發展及推廣台灣海水魚、蝦、貝類繁養殖的教育使命。目前有日間部 4 班、碩士班 2 班、夜間進修二專部 1 班，學生總人數約 200 人。
| 時間 | 內容 |
|---|---|
| 民國80年 | 高雄海專澎湖分部，設水產養殖科(日間部二專) |
| 民國82年 | 設水產養殖科(進修部二專) |
| 民國84年8月 | 改制國立澎湖海事管理專科學校 |
| 民國89年8月 | 升格為國立澎湖技術學院，設水產養殖系(日間部二技) |
| 民國92年8月 | 設水產養殖學系(進修部二技)，水產養殖系(日間部四技)， 水產養殖系(日間部二專)停招 |
| 民國94年8月 | 水產養殖系(日間部二技、進修部二技)停招 |
| 民國95年8月 | 設海洋創意產業研究所 |
| 民國100年8月 | 海洋創意產業研究所改名為 水產資源與養殖研究所 |
| 民國102年8月 | 水產資源與養殖研究所改名為 「水產養殖系水產資源與養殖碩士班」 |
| 民國103年8月 | 水產養殖科(進修部二專)停招 |
