除教育部部定共同課程外，專業課程內容涵蓋海水魚、蝦、貝類繁養殖及其生態資源兩大領域。教學以理論及實務兼俱為原則，其目的在培養學生獨立思考及創作的能力。

1. 以整個澎湖群島為教學資源，親身體會澎湖特有的箱網養殖、牡蠣及九孔延繩養殖、紫菜繁養殖及漲退潮換水的陸上漁塭養殖。
2. 學生在學期間必須接受老師指導完成專題研究，此外還必須到水產養殖公民營機構 實習，結束後必須繳交實習記錄及上台報告。