本系現設有4間共同教室及7間教師個人實驗室，分別為「化學實驗教室」、「生物實驗教室」、「魚類營養及健康管理實驗室」、「箱網養殖實驗室」、「藻類生理生態實驗室」、「貝類培育實驗室」、「水族繁殖實驗室」、「魚類暨生物多樣性實驗室」、「甲殼類暨水族生態實驗室」 等。
另有「實驗器材準備室」、「藥品室」及「 室內及室外養殖場地」等設備，為教學、研究提供最佳場所。

生物實驗教室(MS-307)

• 功能：基本生物學實驗及水產動植物相關實驗
• 管理人：張國亮 技士
• 設備所在位置：海洋科技大樓南棟3樓

儀器設備名稱*數量	購入日期
實驗桌*6	88/06/13
數位講桌(含投單槍投影機)*1	97/10/28
無菌操作台*1	82/10/27
恆溫培養箱*1	82/10/27
梯溫培養箱*1	92/11/20
萬能投影機*1	81/04/24
安全廢液存放櫃*1	92/01/27

化學實驗教室(MS-308)

• 功能：基本化學實驗及水質檢定分析
• 管理人：張國亮 技士
• 設備所在位置：海洋科技大樓南棟3樓

儀器設備名稱*數量	購入日期
實驗桌*6	88/06/13
數位講桌(含投單槍投影機)*1	97/10/28
高溫爐*1	94/09/06
高溫爐*1	103/07/09
熱風循環烘箱*1	81/06/03
安全廢液存放櫃*1	92/03/27
蛋白質分析裝置*1	86/05/21
排煙櫃*1	89/05/12
排氣煙櫃*2	101/11/01
碎冰製造機*1	95/01/19
製粒機*1	95/09/15
平面振盪器*1	91/02/27
公安器材櫃*1	102/09/02
藥品冷藏櫃*2	92/04/11
電子秤*2	90/06/29

養殖系第一教室(MS-311)

• 功能：養殖系相關課程授課 、演講及實務專題
• 管理人：張國亮 技士
• 設備所在位置：海洋科技大樓南棟3樓

儀器設備名稱*數量	購入日期
數位講桌*1	101/11/21
桌椅座位*60	96/02/15
單槍投影機*1	97/12/31
電動布幕*1	101/11/21

養殖系第二教室(MS-313)

• 功能：養殖系相關課程授課 、演講及實務專題
• 管理人：張國亮 技士
• 設備所在位置：海洋科技大樓南棟3樓

儀器設備名稱*數量	購入日期
數位講桌*1	102/03/01
桌椅座位*30	96/02/15
單槍投影機*1	97/12/31
電動布幕*1	101/11/21